医療用麻薬は、他の薬と同じように副作用はありますが、腎臓など臓器への障害は非常に少なく、主な副作用は吐き気、便秘、眠気です。

吐き気は使い始めに起こることが多く、薬剤によって多少違いがありますが30～40%の人に起こります。適した吐き気止めを使用することでうまくコントロールすることができます。多くの場合は身体が慣れて10日から2週間で治まります。

便秘はほとんどの方で起こります。これは腸の動きが悪くなり、肛門の出口の筋肉が縮まってしまうことによります。便秘はかなり頑固な副作用で慣れることはありませんのでさまざまな薬を組み合わせながら普段の排便の回数や性状に近づけるようにします。

眠気は使い始めた時や、増量した時に出ることがあります。それまであまり眠れなかった場合はその分の睡眠を体が補っていることもあります。本人にとってはどちらかというと気持ちの良い眠気のようです。